Journal of Animal Environmental Research

fa برازش شبکه برهمکنش پروتئین های مؤثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده‌های بیان ژن Fit protein interaction network based on gene expression data for dairy cattle fertilit عمومى General پژوهشي Research <div> <table align="center" hspace="0" vspace="0"> <tbody> <tr> <td style="padding: 0in 12px; text-align: justify;" valign="top">مقدمه‌: صفات تولیدمثلی در صنعت دامپروری از اهمیت بالایی برخوردار است که این اهمیت به‌مرورزمان در حال افزایش است. این اهمیت به دلیل تأثیر مستقیمی است که این صفات بر سودآوری واحدهای دامپروری دارند و این مسئله روزبه‌روز موردتوجه بیش تری قرار می‌گیرند. نرخ باروری یکی از صفات مهم در حوزه دامداری است که به توانایی یک دام در تولید نسل و نسل جدید اشاره دارد. برای تولیدکنندگان دام، نرخ باروری اهمیت زیادی دارد، زیرا افزایش این نرخ باعث بهبود در میزان تولید و بهره‌وری واحد دامپروری می شود. در زمینه دانش بیوانفورماتیک، یافتن ژن‌ها در میان توالی‌های ژنومی از اهمیت به سزایی برخوردار است. ژن‌ها واحد اصلی و اساسی وراثت هستند و اطلاعات مربوط به ساختار و عملکرد سلول‌ها و ارگانیسم‌ها را در خود جای‌داده‌اند. این مطالعه باهدف بررسی شبکه برهمکنش پروتئینهای مؤثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده‌های بیان ژن اجراشده است. مواد و روش ها: برای بررسی سازوکارهای اثر ریز ریبونوکلئیک‌ اسیدها بر خصوصیت باروری، از طریق داده‌کاوی ناحیه ژن‌ها، به جستجوی ژن جدید و سازوکار احتمالی مرتبط با صفت مزبور در گاو پرداخته شد. ژن‌های مرتبط با باروری در گاو، از پایگاه اطلاعاتی NCBI جستجو شد، سپس توسط GEO2R و با استفاده از نرم‌افزار R نتایج، تجزیه‌وتحلیل گردید و پس ‌از آن، شبکه بین ژنی، توسط پایگاه اطلاعاتی String ایجاد گردید. هم چنین از پایگاه DAVID برای مطالعه بیولوژیکی ژن‌ها، استفاده شد و در پایان، ارتباط به‌دست‌آمده، توسط نرم‌افزار Cytoscape مجسم سازی شد. نتایج‌: یافته‌های این تحقیق نشان داده‌اند که ژن‌های زیادی ازجمله CDK1، PPP2R3C، NDC80، ENY2، WDR12، MRPL27، LAPTM5، C1QB، MCM5 و TPX2 توسط مسیرهای بیولوژیکی مختلف در بافت آندومتریم اثر می‌گذارند. این اثرات می‌توانند به طرق مختلفی بر باروری حیوانات تأثیر بگذارند و از این طریق به بهبود عملکرد تولیدی آن‌ها کمک کنند و به‌عبارت‌دیگر، ژن‌های موردبررسی توانمندند که از طریق مسیرهای بیولوژیکی در بافت آندومتریم دیوار رحم تنظیم شوند و درنتیجه، بر اموری مانند باروری حیوانات تأثیرگذار باشند.</td> </tr> </tbody> </table> </div> <div style="text-align: justify;">بحث و نتیجه گیری: این مطالعه ممکن است به دامداران این امکان را بدهد تا استراتژی‌های بهینه‌تری را برای بهبود باروری حیوانات اجرا کنند.</div> <div> <table align="center" hspace="0" vspace="0"> <tbody> <tr> <td style="padding: 0in 12px; text-align: justify;" valign="top">Introduction: Reproductive traits in the livestock industry are of significant importance, and this importance is continuously increasing over time. The significance lies in the direct impact these traits have on the profitability of livestock breeding units, garnering increasing attention day by day. Fertility rate is one of the crucial traits in the field of animal husbandry, reflecting an animal's ability to produce offspring and new generations. For livestock producers, fertility rate holds great importance as its improvement leads to enhanced production levels and efficiency in the breeding unit. In the field of bioinformatics, identifying genes within genomic sequences is of paramount importance. Genes serve as the fundamental units of heredity, encapsulating information about the structure and function of cells and organisms. This study aims to investigate the protein-protein interaction network influencing dairy cow fertility based on gene expression data. Materials & Methods: To investigate the mechanisms of the effect of microRNAs on fertility, a gene region data mining approach was used to search for new genes and potential mechanisms related to the mentioned trait in cows. Genes related to fertility in cows were searched in the NCBI database, and then, the results were analyzed using GEO2R and the R software. Subsequently, the gene network was created using the String database. The DAVID database was also used to study the biological aspects of genes. Finally, the obtained relationships were visualized using the Cytoscape software. Results: The findings of this research have shown that many genes including CDK1, PPP2R3C, NDC80, ENY2, WDR12, MRPL27, LAPTM5, C1QB, MCM5 and TPX2 are affected by different biological pathways in endometrial tissue. These effects can affect the fertility of animals in different ways and thus help to improve their production performance, and in other words, the studied genes are able to be regulated through biological pathways in the endometrial tissue of the uterine wall and, as a result, affect things like Affect animal fertility. Conclusion: This study may allow livestock farmers to implement more optimal strategies to improve animal fertility.</td> </tr> </tbody> </table> </div> <div style="text-align: justify;"></div> باروری گاوشیری, بیان ژن, پروتئین‌های مؤثر, ‌شبکه برهمکنش, شبکه ژنی Fertility in dairy cattle, Functional proteins, Gene expression, Gene network, Interaction network 1 12 http://journalaer.com/browse.php?a_code=A-10-1-2&slc_lang=fa&sid=1 Seyyed Homayoun Farhangfar سید همایون فرهنگ فر 10031947532846001348 10031947532846001348 No Mahdi Zeya مهدی ضیاء mzeya1993@gmail.com 10031947532846001349 10031947532846001349 Yes Elham Behdani الهام بهدانی 10031947532846001350 10031947532846001350 No Mohamadbagher Montazertorbati محمدباقر منتظرتربتی 10031947532846001351 10031947532846001351 No