Journal of Animal Environmental Research

fa بررسی ژنوم میتوکندریایی به روش PCR-RFLP در جمعیت های گونه های آرتمیا (Leach, 1819) در ایران Investigation of mitochondrial genome by PCR-RFLP method in the populations of Artemia species (Leach, 1819) in Iran تخصصي Special مروری Review <div style="text-align: justify;">مقدمه: آرتمیا یا میگوی آب شور سخت پوست کوچکی است که در بخش‌های مختلفی از جهان جز در قطب شمال دیده می شود. این تحقیق با توجه به اهمیت مطالعات مولکولی در شناسایی جمعیت های یک گونه و تنوع ژنتیکی موجود در اشکال دو جنسی و بکرزای آرتمیا (با هم و در بین جمعیت‌ها) صورت پذیرفت. مواد و روش ها: نمونه برداری آرتمیا از 9 منطقه (دریاچه‌های شور، اینچه برون، نمک، حوض سلطان، میقان، مهارلو، بختگان، ارومیه و نوغ) انجام و 315 نمونه مورد استخراج <st1:stockticker w:st="on">DNA</st1:stockticker> به روش فنل  کلروفرم صورت گرفت. پرایمرها براساس توالی ژن ریبوزومال میتوکندری آرتمیا، طراحی و PCR صورت پذیرفت. هضم آنزیمی محصول PCR با 10 آنزیم (AluI, Eco47I, HaeIII, HindIII, HinfI, MobI, MspI, RsaI, TaqI, EcoRI) انجام گردید. پس از شناسایی ژنوتیپ ها و محاسبه هاپلوتیپ ها، تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی درون جمعیتی‌، تنوع و اختلاف نوکلئوتیدی بین جمعیت‌ و فاصله ژنتیکی میان هاپلوتیپ ها با نرم افزار Reap آنالیز و فراوانی ناهمگنی جغرافیایی هاپلوتیپ ها با آزمون مربع کای و شبیه سازی Monte-Carlo محاسبه گردیدند. نتایج: این مطالعه وجود 25 هاپلوتیپ متفاوت شامل 9 هاپلوتیپ در ارومیه، 4 در شور و اینچه برون، 4 در نوغ، 1 در نمک و حوض سلطان، 3 در میقان، 1 مشترکاً در بختگان و مهارلو و3 در مهارلو را نشان داد. کم ترین تنوع هاپلوتیپی درون نمونه ها در حوض سلطان، نمک و بختگان و حداکثر مقدار آن در مهارلو دیده شد. کم ترین میزان تنوع نوکلئوتیدی درون نمونه ها متعلق به حوض سلطان، نمک و بختگان و بیش ترین متعلق به ارومیه بود. در میزان تنوع نوکلئوتیدی بین نمونه ها کم ترین مقدار بین حوض سلطان با نمک و بیش ترین مقدار بین اینچه برون و شور با نوغ مشاهده شد. اختلاف نوکلئوتیدی بین نمونه ها نیز برای اینچه برون با شور کم ترین و برای اینچه برون و شور با نوغ بیش ترین مقدار به دست آمد. در فاصله تکاملی بین هاپلوتیپ ها بیش ترین مقدار به هاپلوتیپ های نوغ و میقان با هاپلوتیپ های اینچه برون و شور متعلق بود. بحث و نتیجه گیری: بررسی جدایی جمعیت ها براساس فراوانی هاپلوتیپ ها تفاوت آماری معنی داری را به جز در مقایسه حوض سلطان با نمک و اینچه برون با شورنشان داد (0/001>p) و در سطح هاپلوتیپی امکان تفکیک جمعیتی آرتمیا در ایران به 7 جمعیت حوض سلطان- نمک، میقان، مهارلو، بختگان، نوغ، ارومیه و اینچه برون - شور فراهم گردید.</div> <div style="text-align: justify;">Introduction: Artemia or brine shrimp is a small crustacean found in different parts of the world except the Arctic. This research was done considering the importance of molecular studies in identifying the species populations and the genetic diversity in bisexual and unisexual forms of Artemia (together and among populations). Materials & Methods: Artemia were sampling from 9 regions (Shoor, Inche Borun, Namak, Hoze Sultan, Mighan, Maharlu, Bakhteghan, Urmia and Nogh Lakes) and 315 samples were used according phenol-chloroform method for DNA extraction. The primers were designed based on the sequence of Artemiaʹs mitochondrial ribosomal gene and PCR was performed. Enzymatic digestion of the PCR product was performed with 10 enzymes (AluI, Eco47I, HaeIII, HindIII, HinfI, MobI, MspI, RsaI, TaqI, EcoRI). After identifying genotypes and calculating haplotypes, haplotype and nucleotide diversity within a population, nucleotide diversity and divergence between populations and genetic distance between haplotypes with Reap analysis software and frequency of geographic heterogeneity of haplotypes with Chi-square test and Monte-Carlo simulation were calculated. Results: This study showed the presence of 25 different haplotypes, including 9 haplotypes in Urmia, 4 in Shoor and Inche Borun, 4 in Nogh, 1 in Namak and Hoze Sultan, 3 in Mighan, 1 jointly in Bakhteghan and Maharlu, and 3 in Maharlu. The lowest haplotype diversity in the samples was found in Hoze Sultan, Namak and Bakhteghan and the highest amount was seen in Maharlu. The lowest amount of nucleotide diversity in the samples belonged to Hoze Sultan, Namak and Bakhteghan and the most belonged to Urmia. In nucleotide diversity among the samples, the lowest value was observed between Hoze Sultan and Namak and the highest value was observed between Inche Borun and Shoor with Nogh. Nucleotide divergence between the samples was the lowest for the Inche Borun and shoor and the highest value for the Inche Borun and Shoor with Nogh. In the evolutionary distance between haplotypes, the highest amount belonged to Nogh and Mighan haplotypes with Inche Borun and Shoor haplotypes. Conclusion: The study of population separation based on the frequency of haplotypes showed a significant statistical difference, except in the comparison of Hoze Sultan with Namak and Inche Borun with shoor (p<0.001), and at the haplotype level, it is possible to separate the Artemia population in Iran into 7 population as Hoze Sultan - Namak, Mighan, Maharlu, Bakhteghan, Nogh, Urmia and Inche Borun - Shoor was provided.</div> آرتمیا, mtDNA ,RFLP, تنوع ژنتیکی, ایران Artemia, mtDNA, RFLP, Genetic diversity, Iran 79 90 http://journalaer.com/browse.php?a_code=A-10-36-7&slc_lang=fa&sid=1 Mahbobeh Hajirostamlou محبوبه حاجی رستملو hajirostamlo@marandiau.ac.ir 10031947532846001260 10031947532846001260 Yes Sohrab Rezvani Gilkolaei سهراب رضوانی گیل کلایی 10031947532846001261 10031947532846001261 No Seyyed Mohammadreza Fatemi سیدمحمدرضا فاطمی 10031947532846001262 10031947532846001262 No Majid Sadeghizadeh مجید صادقی زاده 10031947532846001263 10031947532846001263 No