Journal of Animal Environmental Research
پژوهش های محیط زیست جانوری
Journalaer
Basic Sciences
http://journalaer.com
1
admin
3115-7904
10.22034/aer
fa
jalali
1404
5
1
gregorian
2025
8
1
1
2
online
1
fulltext
fa
آنالیز کدون های کمیاب، تعیین ساختار و بررسی جایگاه فعال ال-آسپاراژیناز2 B. megaterium
Rare codons analysis, the structure determination, and investigation of the active site of L-asparaginase II of B. megaterium
تخصصي
Special
پژوهشي
Research
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:11pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:"><span style="color:black">مقدمه: </span></span></span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">درحال­ حاضر ال</span></span><span lang="FA" style="font-size:8.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span> <i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Escherichia coli</span></span></i><i> </i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">و </span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Erwinia chrysanthemi</span></span></i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:"> به ­منظور درمان لوسمی لنفوبلاستیک حاد</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">(</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ALL</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">)</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">کودکان</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">تجویز می­ شوند. به ­هرحال به ­دلیل نیمه­ عمر</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">کوتاه و عوارض</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">جانبی مرتبط با ایمنی ­زایی و فعالیت گلوتامینازی، محققان هم</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">چنان در حال تحقیق به ­منظور یافتن منابع باکتریایی جدید ال-آسپاراژیناز با اثرات درمانی بالاتر و عوارض جانبی حداقل هستند. در</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">همین راستا در این تحقیق، آنزیم ال</span></span><span lang="FA" style="font-size:8.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span> <i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Bacillus megaterium</span></span></i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:"> مطالعه ­شده ­است.</span></span><span lang="FA" style="font-size:14.0pt"><span style="font-family:"B Nazanin""></span></span></span></span></span></span></span><br>
<span style="line-height: normal;"><span style="direction: rtl;"><span style="unicode-bidi: embed;"><b style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:"><span style="color:black">مواد و روش ­ها:</span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">کدون­ های کمیاب ژن ال</span></span><sub style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span lang="FA" style="font-size:8.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span></sub><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span> <i style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">B. megaterium</span></span></i><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> با سرور </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ATGme</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> شناسایی و بنیان­ های آمینواسیدی مرتبط با این کدون­ ها تعیین شد. ساختار سوم پروتئین، با سه سرور مبتنی بر هومولوژی­ مدلینگ تعیین و کیفیت مدل ­های پروتئینی با سرورهای </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ERRAT</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> و </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Verify3D</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> مطالعه ­شد. بنیان ­های آمینواسیدی جایگاه فعال با نرم ­افزار </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">PyMol</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> تعیین شد.</span></span><br>
<b style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" baran="" style="font-family:"><span style="color:black">نتایج:</span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">نتایج نشان داد</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">که این ژن دارای 73 کدون</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">کمیاب و 27 کدون بسیار</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">کمیاب می ­باشد. هر</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">سه سرور </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">SWISS-MODEL</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">، </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Phyre2</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> و </span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">I-TASSER</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">، از ال-آسپاراژیناز</span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span> <i style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">E</span></span></i><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">. <i>chrysanthemi</i></span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> به عنوان الگو</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">استفاده</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">کردند و</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">مدل</span></span> <span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">SWISS-MODEL</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> از</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">دقت و</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">کیفیت بالاتری</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">نسبت به دو</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">مدل</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">دیگر برخوردار</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">بود.</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">مقایسه</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">بنیان ­های</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">جایگاه</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">فعال</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">این</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">آنزیم با ال</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 8pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span> <i style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">E</span></span></i><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">.</span></span> <i style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">chrysanthemi</span></span></i><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> نشان داد که از مجموع 8 بنیان، 5 آمینواسید مشابه و 3 آمینواسید متفاوت هستند. گلوتامات63، ترئونین95 و آلانین120 به گلوتامین103، سرین135 و سرین160 در ال</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 8pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span> <span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span> <i style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt;"><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">B</span></span></i><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">. <i>megaterium</i></span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> تغییر یافته ­اند. تحقیقات قبلی نشان می ­دهد که حضور</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">گلوتامین به</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">جای</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">گلوتامات</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">در</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">جایگاه</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">فعال ال</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 8pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span><span dir="LTR" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 10pt;"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span><span lang="FA" style=""><span b="" baran="" style="font-family: "> موجب</span> </span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">کاهش</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">فعالیت</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">گلوتامینازی</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">می­ شود.</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">بررسی</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">آمینواسیدهای دارای کدون­ های کمیاب نشان داد که هر سه سرین جایگاه فعال دارای کدون کمیاب می­ باشند. بنابراین باتوجه به تعداد بالای کدون­ های کمیاب و هم</span></span> <span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:">چنین مرتبط بودن برخی از آن ها</span></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> با بنیان­ های جایگاه فعال باید به ­هنگام فرایند بهینه ­سازی کدون، مطالعه دقیق و جامعی به­ منظور اطمینان از تولید</span></span> <span lang="FA" style=""><span b="" baran="" style="font-family: ">بالای پروتئین و حلالیت آن در سیستم بیان </span><font face="Times New Roman, serif"><span style="font-size: 13.3333px;"><i>E coli</i></span></font></span><span lang="FA" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span b="" baran="" style="font-family:"> انجام شود.</span></span></span></span></span><br>
<span class="MsoPlaceholderText" style="color:gray"><b><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" baran="" style="font-family:"><span style="color:black">بحث و نتیجه ­گیری: </span></span></span></span></b></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" baran="" style="font-family:">در مجموع نتایج به ­دست ­آمده می­ تواند به فرایند طراحی و تولید آنزیم ال</span></span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:8.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" baran="" style="font-family:">-</span></span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" baran="" style="font-family:">آسپاراژیناز</span></span></span><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">II</span></span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" baran="" style="font-family:"> با قابلیت درمانی بالاتر و عوارض جانبی پایین ­تر کمک نماید.</span></span></span></div>
<div></div><div style="text-align: justify;"></div>
لوسمی لنفوبلاستیک حاد (ALL), ال-آسپاراژیناز II, کدون های کمیاب, Bacillus megaterium, SWISS-MODEL
23
36
http://journalaer.com/browse.php?a_code=A-10-2-56&slc_lang=fa&sid=1
Safa
Lotfi
صفا
لطفی
s.lotfi@kgut.ac.ir, lotfisafa1@gmail.com
1003194753284600685
1003194753284600685
Yes
Mojtaba
Mortazavi
مجتبی
مرتضوی
1003194753284600686
1003194753284600686
No